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学校建设有先进的教学与科研基地，现有2个黑龙江省重点实验室(抗纤维化生物治疗实验室、麻醉与危重病学实验室)，2个黑龙江省高校重点实验室(组织损伤与修复实验室、肿瘤疾病防治实验室);依托学校建有黑龙江省生物医药技术服务平台、黑龙江省博士后创新创业实践基地、黑龙江省高校校企共建工程技术研发中心和牡丹江市北药开发实验基地等科研平台;基础医学实验教学中心、临床技能实验教学中心和药学实验教学中心为黑龙江省实验教学示范中心。

近年来，学校教师参加教材编写230部，其中主编教材69部;承担国家级、省部级科研课题120多项;承担省部级教育教学研究课题83项;获得省部级科学技术奖29项、省部级教学成果奖8项;发表学术论文5489篇，其中被三大检索收录论文272篇。2009年，合作获得国家技术发明二等奖1项。《牡丹江医学院学报》在国内外公开发行。